Ngày 2 tháng 7 năm 2006, tức ngày bầu cử, Viện Bầu cử Liên bang (IFE) đã công bố rằng cuộc ganh đua đã quá xít xao nên họ sẽ không công khai thăm dò cử tri ngay sau khi bỏ phiếu. Tuy nhiên, khi các kết quả sơ bộ của cơ sở dữ liệu không chính thức được làm sáng tỏ vào sáng hôm sau, Felipe Calderón đã dẫn trước 1,04%.[7]

Viện Bầu cử Liên bang đã kêu gọi các ứng cử viên tránh tự tuyên bố mình là người chiến thắng, tổng thống đắc cử hay tổng thống, tuy nhiên cả hai ứng cử viên đều không tuân theo lời kêu gọi này. Đầu tiên, López Obrador tuyên bố rằng ông ta đã thắng cử, và ngay sau đó Calderón cũng tuyên bố như vậy, chỉ ra con số ban đầu do Viện Bầu cử Liên bang đã đưa ra.[8]

Ngày 6 tháng 7 năm 2006, Viện Bầu cử Liên bang đã công bố chính thức kết quả cuộc bầu cử tổng thống, theo đó Calderón chỉ được hơn 0,58% số phiếu so với đối thủ gần nhất là ứng cử viên Andrés Manuel López Obrador của Đảng Cách mạng Dân chủ. Tuy nhiên, López Obrador và liên minh của ông đã cáo buộc bất thường trong một số điểm bỏ phiếu và yêu cầu kiểm phiếu lại trên toàn quốc. Cuối cùng, Tòa án Bầu cử Liên bang, trong một cuộc bỏ phiếu nhất trí, đã tuyên bố rằng việc kiểm phiếu lại như vậy là không có căn cứ và không khả thi và phán quyết chỉ kiểm phiếu lại ở những nơi được chứng minh là có bất thường, tức khoảng 9,07% trong tổng số 130.477 điểm bỏ phiếu.[9]

Vào ngày 5 tháng 9 năm 2006, ngay cả khi Tòa án Bầu cử Liên bang đã thừa nhận sự tồn tại của một số điểm không đúng quy định trong cuộc bầu cử, sau khi hai thẩm phán đổi phiếu,[10] Calderón đã được toàn án nhất trí tuyên bố là tổng thống đắc cử với số phiếu dẫn trước López Obrador là 233.831, hay 0,56% tổng số phiếu hợp lệ. Tòa án bầu cử kết luận rằng các bất thường nhỏ không có đủ bằng chứng, và chúng không đủ để làm mất hiệu lực của cuộc bầu cử. Phán quyết này là bắt buộc, cuối cùng và không thể được kháng cáo,.[11]